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31 janvier 2008

Gen2Phen veut créer du lien entre les bases de données sur les variations génétiques

Depuis quelques années, les efforts poursuivis pour générer des séquences génétiques humaines, analyser leurs variations et les relier à des pathologies ont abouti à la création d'une multitude de bases de données souvent sans lien entre elles. Nouveau projet européen financé dans le cadre du 7e PCRD, Gen2Phen a pour objectif de créer une plate-forme unifiée pour lier les différentes bases de données accessibles au public et intégrer toutes les informations disponibles.

Des données trop fragmentées. Avec la multiplication des projets de séquençage - dont le projet 1 000 Genomes récemment annoncé est le plus ambitieux (voir BioPharmaceutiques n°50) - et l'accent particulier qui a été mis sur l'établissement de liens entre la diversité génétique et des maladies humaines spécifiques, les scientifiques, médecins et chercheurs du monde entier ont à leur disposition une multitude de données, éparpillées sur différentes bases, aucun système universel n'ayant été prévu à l'origine pour les regrouper toutes. Une utilisation efficace de ces informations serait pourtant facilitée par une base de données unifiée, à même de combiner des types de données très divers dans des domaines de recherche qui le sont tout autant. Consciente de l'importance et de la difficulté d'une telle entreprise, la Commission européenne en a fait l'une des priorités de son programme de travail dans la thématique santé, au moment de la préparation du 7e programme cadre de recherche et développement. Et l'a incluse de son tout premier appel à projets en santé, clôturé en avril 2007.

19 partenaires. Le projet retenu suite à cet appel à projets, Gen2Phen, bénéficiera du soutien de la Commission à hauteur de 12 millions d'euros pour une durée de cinq ans. Coordonné par l'université de Leicester au Royaume-Uni, il associe 19 partenaires issus de 10 pays de l'Union européenne, de la Suisse et de l'Islande, ainsi que de l'Inde et de l'Afrique du Sud. Quatre sociétés sont impliquées dans le projet : l'allemande BioBase, la belge PhenoSystems, la finlandaise Biocomputing Platforms et l'islandaise deCODE genetics, qui s'est récemment illustrée en proposant une offre de service de génotypage pour les particuliers (voir BioPharmaceutiques n°43).
L'objectif de cette initiative est donc, grâce à la mise au point de nouveaux logiciels, de lier les différentes bases de données déjà disponibles ou à venir, en s'appuyant uniquement sur les données qui sont librement accessibles, pour créer un portail en ligne facilitant pour les médecins et les scientifiques la mise en relation des informations pertinentes. Mais le projet Gen2Phen entend aussi créer des standards pour les nouvelles bases de données et de nouveaux outils d'analyse plus performants. Sans oublier de s'interroger sur les aspects éthiques de l'utilisation des données génétiques.