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PERSIST-SEQ scrute les cellules cancéreuses pour comprendre leur résistance aux traitements

Le projet collaboratif public-privé PERSIST-SEQ soutenu par l’IMI vise d’abord à normaliser les processus de préparation des échantillons en vue d’un séquençage en cellule unique, afin de disposer de données optimisées pour améliorer la compréhension de la résistance tumorale aux anticancéreux.

Nouveau projet soutenu par l’Initiative médicaments innovants (IMI) à hauteur de 7 M€ sur cinq ans, PERSIST-SEQ fédère 16 partenaires académiques et industriels, dont les membres de l’EFPIA AstraZeneca (co-leader), Merck KGaA, Bayer et Transgene, autour de la résistance des tumeurs aux traitements. Principale cause des décès par cancer, celle-ci est encore très mal comprise. Les nouvelles technologies de séquençage en cellule unique constituent une voie privilégiée d’étude des mécanismes à l’œuvre.
Cette approche nécessite de travailler sur des cellules vivantes, or « le traitement des échantillons en amont du séquençage constitue un point faible », déplore Jean-Marc Balloul, directeur innovation et partenariats de Transgene, seul membre français du consortium. « Les variabilités de méthodologies ont vraiment été identifiées par les membres industriels du consortium comme un verrou technologique pour la filière, explique Eric Quéméneur, directeur scientifique de la société alsacienne. Cet obstacle doit être surmonté avant d’aller plus loin. »

Harmoniser les pratiques

Le développement d’une approche standardisée de préparation des échantillons en vue d’un séquençage en cellule unique est ainsi le premier jalon que devra atteindre le projet PERSIST-SEQ. « Nous devons normaliser ces processus et proposer de nouvelles méthodologies pour qu’à l’arrivée, les résultats soient comparables quel que soit le laboratoire où ces opérations sont réalisées, et que la lecture des données puisse être pertinente. Nous espérons tous collectivement réussir à proposer un ensemble de méthodes robustes et généralisables qui seront adoptées par toute la communauté scientifique », décrit Jean-Marc Balloul. Le projet s’appuie sur les compétences du monde académique en matière de séquençage et d’analyse de données pour les appliquer aux pratiques industrielles de développement de médicaments. Conformément à la philosophie d’innovation ouverte pré-compétitive de l’IMI, ces méthodologies devront en effet être largement diffusées à l’issue du projet.

Cinq millions de cellules à caractériser

Ces approches seront aussitôt mises en pratique au sein du consortium pour parvenir en cinq ans à caractériser cinq millions de cellules individuelles. PERSIST-SEQ se focalisera sur trois types de tumeurs solides : poumon, colon et sein. « Nous mettrons à disposition des échantillons issus d’organoïdes tumoraux du poumon ou du colon, dérivés de biopsies de patients, dont le profil de résistance à certains traitements (chimiothérapies, inhibiteurs de checkpoint ou virus oncolytiques) a déjà été caractérisé in vitro », indique Jean-Marc Balloul. Transgene et d’autres participants adresseront leurs échantillons à l’Oncode Institute (Pays-Bas), l’autre co-leader du projet. Celui-ci effectuera le séquençage, les données résultantes devant être collectées dans des bases communes pour être traitées par les membres du consortium. L’analyse de ces données doit permettre d’identifier des voies de résistances qui éventuellement pourraient être communes à plusieurs thérapies. « Un avantage des projets IMI est qu’ils sont assez flexibles, note Jean-Marc Balloul : le cadre peut évoluer au fur-et-à-mesure des résultats obtenus. »

Julie Wierzbicki

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